1992年揭阳建市前，揭阳县档案馆（局）系揭阳县政府直属局。1992年4月29日，根据揭市机编〔1992〕3号文，揭阳县档案馆升格为揭阳市档案馆，加挂“揭阳市档案局”牌子，为副局（处）级事业单位，归属市政府办公室管理。2006年4月29日，根据揭市机编〔2006〕22号文，揭阳市档案局（馆）由原副处级定为正处级，编制按揭市机编〔2001〕67号文不变，列为揭阳市人民政府直属事业单位。

2007年11月15日，根据揭市人发〔2007〕104号文，经广东省人事厅批准，市档案局列入参照公务员法管理范围。

揭阳市档案馆是1992年在揭阳县档案馆的基础上升格起来的。揭阳县档案馆成立于1958年12月19日，人员编制5名，配有专职馆长、副馆长各1名。1962年11月25日撤销县档案馆，业务并入县人委办公室。1979年10月4日重新恢复县档案馆，配备人员2名，其中副馆长1名。1981年9月23日设立揭阳县档案局，任命副局长1名，配备人员3名。1984年撤销揭阳县档案局，保留揭阳县档案馆，由县委办公室管理，配备馆长、副馆长各1名。1985年11月3日恢复揭阳县档案局，档案馆与档案局合署办公，一套人马，二块牌子，列入县政府编制序列，作为县政府直属局，并核定局（馆）编制7名，任命副局长1名。1988年1月进一步健全局（馆）机构，设副馆长1名，业务指导股和编研利用股股长各1名。1990年12月任命局长1名。

1991年12月7日，经国务院批准，撤销揭阳县，设立揭阳市（地级）。1992年4月29日，揭阳县档案馆升格为揭阳市档案馆，加挂“揭阳市档案局”牌子，为副局（处）级事业单位，归属市政府办公室管理。9月29日，根据揭阳市机编〔1992〕162号文，档案馆内部机构设置办公室、档案管理科、编研科3个科室，核定事业编制15名，配备领导职数2名。

1993年1月4日，设立揭阳市史志办公室，为副局（处）级事业单位，与揭阳市档案馆合署办公，核定事业编制20名，原加挂的揭阳市档案局牌子不变。8月，根据揭市机编〔1993〕93号文，市档案馆、史志办公室内设机构调整为办公室、档案管理科、业务指导科、史志科，均为副科级。

1998年3月16日，根据揭市机编〔1998〕37号文，市档案局、档案馆、史志办公室合署办公，为副局（处）级事业单位，赋予档案行政管理职能，归属市政府办公室管理，内部机构设置办公室、党史研究科、地方志科、监督指导科、档案管理科、档案编研科共6个科室（副科级）。核定事业编制25名，其中局长（馆长、主任）1名，副局长（副馆长、副主任）2名，正、副科长（主任）9名。

2001年8月31日，根据揭市机编〔2001〕67号文，市档案局、档案馆、史志办公室合署办公，为副局（处）级事业单位，赋予档案行政管理职能，归属市政府办公室管理，内部机构设置办公室、党史研究科、地方志科、监督指导科、档案管理科5个科室（副科级）。核定事业编制23名。其中局长（馆长、主任）1名，副局长（副馆长、副主任）2名，科长（主任）（副科级）5名、副科长（主任）（正股级）4名。

2006年4月29日，根据揭市机编〔2006〕22号文，单位由原副处级定为正处级，编制按揭市机编〔2001〕67号文不变，相应科室调整为正科级。

2007年11月15日，根据揭市人发〔2007〕104号文，经广东省人事厅批准，市档案局列入参照公务员法管理范围。

2010年9月27日，根据揭市机编〔2010〕54号文，加挂市人民政府信息查阅中心牌子。

2013年7月30日，根据揭市机编办〔2013〕24号文《关于揭阳市史志办公室更改名称的通知》，揭阳市史志办公室机构名称更改为中共揭阳市委党史研究室、揭阳市人民政府地方志办公室。

2018年12月29日，中共揭阳市委、揭阳市人民政府印发《揭阳市机构改革方案》，理顺市档案局（市档案馆）职责。将市档案局的行政职能划入市委办公室，市委办公室对外加挂市档案局牌子。市档案馆作为市委直属事业单位，加挂市地方史志办公室牌子。

2019年3月28日，根据揭市机编发〔2019〕23号文《关于印发揭阳市档案馆机构编制方案的通知》，市档案馆是市委直属事业单位，为公益一类，正处级，加挂揭阳市地方史志办公室牌子。内设综合科、接收保管科、编研宣传科、史志编纂科4个科。核定事业编制17名。其中馆长（主任）1名，副馆长（副主任）2名；正科级领导职数4名，副科级领导职数4名。

2021年11月10日，根据揭市机编发〔2021〕29号文《中共揭阳市委机构编制委员会关于调整揭阳市档案馆机构编制事项的批复》，揭阳市档案馆（揭阳市地方史志办公室）调整为揭阳市档案馆，加挂揭阳市委党史研究室、揭阳市人民政府地方志办公室牌子。增设党史研究科，正科级。史志编纂科更名为方志编纂科。增加事业编制3名、科级领导职数2名。调整后，市档案馆（市委党史研究室、市人民政府地方志办公室）内设综合科、接收保管科、编研宣传科、党史研究科、方志编纂科5个科，核定事业编制20名，其中馆长（主任）1名，副馆长（副主任）2名；正科级领导职数5名，副科级领导职数5名。其他机构编制事项不变。